V roce 2000 se postupně začala formovat neoficiální spolupráce rodičů dětí s autismem a odborníků na ose Praha - Brno, která se rozvíjela i do dalších regionů. Ukazovala se nutnost tyto aktivity v celostátním měřítku organizačně zaštítit a tím jim zajistit mnohem větší průraznost a dopad. Vznikla Asociace pomáhající lidem s autismem – APLA ČR. Asociace se od svého počátku diferencovala do čtyř sekcí, které tak mohly plně rozvinout akční potenciál svých členů. Byla to sekce rodičovská, klinická, pedagogická a sociálně-právní.

V roce 2001 APLA realizovala první projekty. Do sdružení se začali hlásit aktivní lidé z celé republiky, kteří cítili potřebu se stagnující situací v oblasti problematiky dětského autismu a pervazivních vývojových poruch něco udělat. Rodiče, odborníci různých profesí, studenti a dobrovolníci se začali seskupovat do regionálních pracovních organizací. Hned od počátku se APLA zaměřovala především na informovanost odborné i laické veřejnosti, diagnostiku poruch autistického spektra, vzdělávání odborníků, podporu vzdělávacích a sociálních programů, a především podporu rodičů. Tyto priority postupně vedly k vytvoření průběžného a komplexního projektu Autismus.cz, který v sobě zahrnoval čtyři nezávislé projekty zaměřené na informace, vzdělávání, včasnou diagnostiku s návaznou péčí a volnočasové aktivity dětí s poruchou autistického spektra. Postupně se ukázalo, že každý kraj má v podpoře lidí s autismem jiné možnosti a jiné priority a tak došlo k rozhodnutí zakládat regionální organizace APLA – samostatné účetní jednotky s vlastní právní subjektivitou přímo v krajích. Národní APLA od té doby působí pouze jako dohlížející a zaštiťující orgán, který schvaluje vznik a působnost nově vznikajících organizací s názvem Asociace pomáhající lidem s autismem a používání loga.

Odborníci působící v rámci APLA ČR na území hlavního města založili dne 1.4.2003 APLA Praha. Rok 2003 se tak stal druhou startovní čárou v historii péče o lidi s autismem. Své zázemí našla APLA Praha v areálu mateřské školy Fialka v Řepích, ul. Brunnerova. Vizí APLA Praha bylo zavedení komplexní péče o lidi s autismem pro rodiny nejen z Prahy a okolí. Postupně se diferencovala do tří stupňového systému stojícího na třech programech - prvním stupněm byl program Poradenské středisko, druhým program Centrum pomoci a třetím stupněm Podporované bydlení. Kromě těchto hlavních programů realizovala APLA Praha i další služby – jednalo se hlavně o školení personálu pečujícího o klienty s autismem a o tábory pro děti s autismem. Rozjezd činnosti se podařil díky finanční a materiální podpoře řady firemních a individuálních dárců a Nadaci Charty 77.

V roce 2004 se podařilo získat první grant z veřejného rozpočtu - od Hl.m. Prahy. Díky němu se rozšířilo sdružení o tři další pracovní síly – speciální pedagog, koordinátor respitní péče a koordinátor sdružení. V tomto roce bylo v APLA zaměstnáno 6 lidí na pracovní smlouvy. V rámci programu Centrum pomoci se rozběhl nový projekt - Respitní péče - zahrnující domácí respitní péči a službu osobní asistence, kterou poskytovalo 27 asistentů na základě dohod o provedení práce. Nabídka programů z roku 2003 se rozšiřila o samostatnou sekci: Program osvěty a vzdělávání. Program zahrnoval mimo jiné pořádání odborných kurzů pro rodiče i odborníky. Kurzy získaly akreditaci MŠMT. APLA jich z počátku nabízela 8 typů podle zaměření a cílové skupiny.

Postupně vznikaly nové projekty, služby stávající využívalo stále více rodičů, APLA nadále posilovala personálně. V roce 2005 bylo na úvazky v organizaci zaměstnáno 8 lidí, asistenční služby poskytovalo 62 asistentů. Stávající prostory v Brunnerova ulici již nestačily, vzniklo nové detašované pracoviště v ul. V Holešovičkách. Koncem roku se podařilo získat první dotaci z Evropského sociálního fondu (Globální grant) na projekt „Příprava organizace na rozvoj pracovních programů pro dospělé osoby s autismem“. Projekt byl zaměřen zejména na posílení kapacity APLA Praha, umožnil přijmout nového pracovníka "fundraisera", jehož hlavním úkolem bylo hledání nových zdrojů financování, zejména v oblasti firemního a individuálního dárcovství. Cílem tohoto projektu bylo především najít dostatečnou finanční podporu pro rozvoj aktivit směřujících k podpoře pracovních příležitostí pro dospělé osoby s autismem. V rámci projektu byly vytvořeny nové webové stránky APLA Praha.

V roce 2006 v rámci operačního programu Rozvoj lidských zdrojů se podařilo z Evropského sociálního fondu získat grant na projekt "Zvládání problémového chování osob s mentální retardací a / nebo autismem". Projekt byl zaměřen na zabezpečení vzdělávacích aktivit pro zadavatele a poskytovatele sociálních služeb v oblasti práce s lidmi s mentální retardací a /nebo autismem. V červenci APLA Praha zahájila projekt „I s autismem to jde – podporované zaměstnávání pro lidi s Aspergerovým syndromem“, který byl zaměřen na možnosti uplatnění lidí s Aspergerovým syndromem a vysoce funkčním autismem na otevřeném trhu práce. Výrazným počinem v osvětě bylo vydání odborné publikace Poruchy autistického spektra od K. Thorové za podpory Ministerstva zdravotnictví. Otevřelo se nové pracoviště v ul. U Akademie, kde probíhají volnočasové aktivity pro děti s autismem. APLA Praha zaměstnávala již 16 osob na pracovní smlouvy a téměř 70 asistentů na dohody o provedení práce. V rámci Poradenského střediska vzniklo Centrum rané péče, které se specializuje na péči o děti do 7mi let.

V roce 2007 APLA profesionalizovala řízení organizace obsazením místa ředitele a posílením podpůrného managementu. Počátkem roku se otevřelo další pracoviště v ul. Krymská, kde probíhají terapie, skupinové a individuální nácviky sociálních dovedností. Došlo ke změně názvu sdružení z APLA Praha na APLA Praha, Střední Čechy, o.s, čímž organizace dokládá svou příslušnost k území, ze kterého pochází největší procento uživatelů služeb. APLA realizovala projekt „Komplexní rozvoj organizace APLA Praha“, který byl podpořen z Evropského sociálního fondu. Cílovou skupinu projektu tvořili zaměstnanci sdružení, kteří se účastnili vzdělávacích aktivit dle svých profesních potřeb a zároveň byli zapojeni do činností zaměřených na posilování kvality poskytovaných služeb. Jednou z nich bylo zavedení systému pravidelné supervize, která byla zaměřena jak na činnost celého týmu, tak na práci jednotlivců s klienty. Dalšími z nástrojů k posilování kvality služeb byly práce na vytvoření strategického plánu, zavedení standardů kvality sociálních služeb a rozvoj PR a fundraisingu. Velkou změnu v aktivitách organizace přinesl nový zákon č. 108/2006 Sb. o sociálních službách, který nabyl účinnosti 1.1.2007. V souvislosti se zákonem APLA Praha, Střední Čechy, o.s. získala registraci na 6 sociálních služeb – raná péče, sociálně aktivizační služby pro rodiny s dětmi, odlehčovací služba, služba osobní asistence, odborné poradenství, sociální rehabilitace. Služby psychologické a psychiatrické (v APLA diagnostika a konzultace) vypadávají ze spektra sociálních služeb. S ohledem na potřebu respektovat terminologii a zajistit personální obsazení služeb v souladu s podmínkami registrace a poskytovatelů státních dotací se uzpůsobila i programová struktura APLA. Nyní aktivity probíhají v rámci 3 hlavních programů: 1. psychologické a psychiatrické služby , 2. sociální služby a 3. vzdělávání a osvěta. Na základě personálního rozšíření se změnila i organizační struktura sdružení (viz. příloha č. 2). Zaměstnanci jsou rozděleni do 4 středisek : 1. Metodické, 2. Poradenské, 3. Respitní, pracovní a volnočasové a 4. Středisko podpory. V organizace již pracuje 25 osob na pracovní smlouvy. vzhledem k tomu, že stávající projekty opět nestačily, . Klubovna U Akademie rozšiřila nabídku zájmových kroužků o další aktivity – cannisterapie, tvůrčí dílnička, pohybový a hudební kroužek, setkávání lidí s Aspergerovým syndromem, terapie pro sourozence dětí s PAS, JOB klub, počítačový kurz. V polovině roku se díky podpoře Hl.m.Praha otvírá první odlehčovací byt APLA na Praze 4. začátkem roku 2008 se z Brunnerovy ulice stěhuje Poradenské a Metodické středisko do nově zrekonstruovaných prostor v ul. Dolanská v Praze 6. V roce 2008 tak poskytuje APLA své služby na šesti pracovištích v Praze.